В детстве Такаши Нацуме считал свой контакт с ёкай лишь проклятием. Сейчас, будучи в старшей школе, он оправился от прошлых страданий и выстроил неразрушимые связи как с людьми, так и со духами. Его новые союзы — особенно тот, что с его хранителем-духом Мадарой, прозванным "Нянко-сэнсей" — часто переплетаются с обязанностью восстановить имена духов, записанные в Книге друзей покойной бабушки Рейко. Хотя к нему подходят необычные ёкай, Нацуме понимает, что ему еще многое предстоит усвоить о окружающем мире и тайнах невидимых сфер, формирующих их сосуществование, пока он учится сочетать сострадание с тяжестью судьбы.