Половину века назад загадочные существа, названные "Huge", внезапно появились по всему миру, угрожая самому существованию человечества. Чтобы противостоять этим опасностям, подростки-девушки под названием "Lilies" используют свою внутреннюю "Magie", чтобы подпитывать оружие, названное "Counter Huge ARMS" или просто "CHARMS". Два года назад, убегая от наступления Huge, Рири Хитосюнагаги была спасена одной из таких Lilies. Решив следовать её примеру, она поступила в знаменитую академию Юригаока — центр обучения Lilies — и вскоре узнала, что её новый одноклассник, Юю Ширай, — та самая Lily, которая спасла её. Хотя Юю выглядит живой при первом взгляде, на самом деле она замкнута и предпочитает одиночные схватки. Тем не менее, Рири жаждет наладить связь с Юю и готова пойти на всё ради этого. Вместе с Юю и остальными Lilies путь Рири к тому, чтобы стать одной из них, только начинается.
