半世紀前、謎めいた存在「Huge」が突然世界中に出現し、人類の存続そのものを脅かした。これらの危険に対抗するため、少女たち「Lilies」は内なる「Magie」を呼び出し、「Counter Huge ARMS」または単に「CHARMS」と呼ばれる武器を発動させる。
二年前、Hugeの猛攻から逃げていたリリ・ヒトツヤナギは、そのようなLiliesの一人に救出された。彼女はその足跡をたどる決意を固め、名門ユリガオカアカデミー――Liliesの訓練拠点へ入学し、すぐに新しいクラスメイト・シライ・ユウユが自分を救ったLiliesであることを知る。最初は活発に見えるユウユだが、実際には引っ込み思案で一人戦を好む。とはいえリリはユウユと絆を結びたく、何としてもそれを成し遂げようとする。
リリはユウユと他のLiliesたちとともに、彼女自身がLiliesになる道を歩み始めたばかりだ。
