アーカム収容所の中で、バットマンはゴリラ・グロッドと対峙しながら、彼の最新装置「クエイク・エンジン」を解体しようとしている。混乱の中、エンジンが起動すると施設全体が瞬時に消滅し、バットマンも同じく姿を消す。騒動が収まると、バットマンは見知らぬ道路に立っている。彼はすぐにゴッサムシティを離れ、今は封建時代の日本にいることに気付く。驚きもすぐに消え、サムライが殺意を持って彼に突撃してくる。さらに調査すると、死亡命令の背後にいる指揮官は彼の宿敵ジョーカーであることが判明する。キャットウーマンと会った後、彼はアーカム収容所の囚人が2年前にそこへ移送され、各自が日本の一地域を支配し、ジョーカーが最高権力者であると知る。故郷に戻るため、バットマンは現在アーカム城と呼ばれる廃墟にあるクエイク・エンジンを再起動しなければならない。しかし問題が生じる。ユーティリティベルト以外の、かつて頼っていた装備はすべて消えてしまった。ニンジャ・バットマンは闇の騎士を追い、異国の地形を進みながら、親しき敵と対峙しゴッサムへ安全に帰還するための旅を続ける。障害にもかかわらず、バットマンの決意は揺らぐことなく、エンジンを取り戻す次の一手を計画する。彼はまた、エンジンのコアと安全装置を守るジョーカーの手下たちをも凌駕しなければならない。
