毎日、朝霧綾は自分の命を絶つことを考えている。学校では容赦ないいじめに耐え、家では兄の金雨が父親から課せられた学業的プレッシャーに対処するため、彼女を身体的に虐待している。ある晩、眠れずに死を願っているとき、彼女のノートパソコンに「マジカルガールサイト」と呼ばれる奇妙なサイトが現れ、魔法の力を授けると約束する。最初はそれを不気味な冗談だと見逃すが、翌日彼女は靴のロッカーに不思議な銃を見つけ、何を信じるべきか分からなくなる。彼女はそれを持ち歩き、再びいじめっ子に対峙したとき、絶望が武器を使うよう促し―彼らを近くの鉄道踏切に送り、そこで列車に轢かれる。綾は魔法で二人のクラスメートを殺した罪悪感に耐えられず、自分の行動を理解しようと必死になる。再びトラブルが起きたとき、時間を止めることができるクラスメート・ツユノ・ヤツムラが彼女を救う。二人は他の魔法少女と対峙し、サイトの起源を調査し、迫り来る黙示録的事件「ザ・テンペスト」に備える必要がある。
