2035年、日本の研究施設で「バースト」と呼ばれる災害が発生し、激しく成長し貪欲で自己複製する「マター」という存在が誕生した。マターは黒部渓谷のダムや防衛施設の瓦礫を這い回り、特殊部隊は海に到達する前にそれを止めようとし、雇われた兵士はその起源についての答えを探す。
マターから救出された後、立花愛子は容赦ない医療監視下に置かれる。彼女は回復期間を折り紙の飛行機作りで過ごす。
転校生神崎優也が到着し、彼女の身体にいくつかの異常を指摘すると、学校での日課はすぐに乱れる。なぜ彼女は危害を免れ、車椅子の必要性を失ったのか？彼は愛子には語られた以上に何かがあり、バーストを止めるのは彼女だけだと主張する。
多くの組織が愛子に興味を示す中、彼女と優也は支援を集め、敵が運命を封じる前に渓谷の核心へ危険な旅に出る必要がある。陰謀を回避するため、彼らは液体のように動く敵マターと対峙する。
