近未来の日本では、当局は「科学の赤い糸」と呼ばれる精緻なプログラムを開始し、成功した結婚を促進し国の出生率低下を抑制することを目指している。政府は十六歳の若者たちの相性スコアを算出し、将来の配偶者を指定する。規定から外れた者は厳しい罰則に直面する。平凡な日常を送っていた根島由香里にとって、この制度は意味ある人生への道を示すものとなる。
しかし、彼が長年抱いてきたクラスメイト・高崎美咲への想いは、彼を命令に逆らい愛を告白するように駆り立てる。最初は躊躇していた美咲も同じ熱意で応える。恋が形になりつつあるその瞬間、由香里は正式な結婚招集状を受け取るために召喚される。そこから、彼は無関心な配偶者として割り当てられた佐々木リリナが禁断の関係に興味を抱くことで、欲望と欺瞞の入り乱れた迷路に巻き込まれる。
