天の記録は、セラフィムという天上の存在が人間に祝福を授け、祈りを受けるという事実を記している。これらの霊と交信する才能を持つ者は、シェパード（羊飼い）と呼ばれる。危機の際に迅速な介入で救い手として称えられつつも、その力を恐れられるシェパードは、永遠に敬意を集める古代神話の記録の中で、セラフィムとともに民間伝承へ織り込まれている。若き凡人ソレイは、エリシアの村でセラフィムと完全に調和しながら育った。天の記録に描かれた伝説に惹かれ、彼は幼馴染のセラフィム仲間ミクレオと共に近くの廃墟へ踏み込み、人類とセラフィムとの古代の絆を忘れ去られた時代の囁きに隠されたものとして探し求める。残念ながら、調査の最中に二人は古代遺跡の陰鬱な隅々へと捕らわれてしまう。脱出を求めて進む中、彼らは謎めいた少女に遭遇し、世界が闇に飲み込まれそうな危機の中で救うためにシェパードの助けを求めている。ミクレオは他の凡人との接触を警告するものの、ソレイは若者を助けることに決め、無意識に運命の黄昏期に人間とセラフィムが調和した統合を描くビジョンへ近づいていく。
