高町ナノハは典型的な3年生で、家族と友人を何よりも大切に思っています。ある午後、負傷したフェレットの夢を見ると、現実で同じ生き物に出会い救います。実はそのフェレットは別の世界から来た魔法使いユウノ・スクライアで、21個に散らばったジュエルシードを集めて宇宙全体に混乱をもたらす前に収集しようとしています。彼女一人ではそれらを取り戻せず、ユウノはナノハに「レイジングハート」という知能装置を渡し、魔法の訓練を始めます。
しかし強力なジュエルシードは悪意のある者を惹きつけます。フェイト・テスタロッサという同じく魔法使いが、闇の計画のためにシードを集めようとしていますが、その厳かな表情は表面の下に何か他のものがあることを示唆しています。『魔法少女リリカルなのは』映画1stはオリジナルシリーズを再訪し、二人の若き魔術師と彼らの激しい感情が行動にどのように影響するかを描いています。
