シリーズは第1シーズンが終わったところから新たなスタートを切ります。夏休みは過ぎ、ほとんどの主要キャラクターにとって最後の学年が終わろうとしています。岡崎トモヤは選択をし、今では彼の恋人であるフルカワ・ナギサと暮らしており、彼が子供時代や青春期に長い間奪われていたものを今でも奇跡だと感じています。自分自身を理解したトモヤは世界に開かれ、今や彼の周りには愛する人とその親しい人々だけでなく、彼が助けたすべての人々もいます。主なキャラクターは大きくて仲良い家族で生きる術、愛し合い助け合う術を学びました。そして今、新たな試練が待っています。光は影なしには存在せず、善は悪なしには成り立ちませんし、幸せも失いなしにはありません。第1シーズン『クラナド』が春と新しい命の花開きを象徴しているなら、第2シーズンは秋を語り、その豊かな美しさと避けられない衰退について語ります。時の循環がそう告げるからです。しかし、Keyと京都アニメーションの共同作品では年々強く響く簡単なメロディーがあります。それは、信仰・友情・愛の魔法が失う痛みを克服し、時間そのものを巻き戻すことができるということです。
