高本優太（ゆうた）は二年生の美術学生で、安価なアパートに三人暮らしの同居人と住んでいる。変わり者の森田忍（しのぶ）は授業を欠席して学位を取得できず、実務的な真美山拓（たくみ）は責任感のあるメンターとして優太をよく世話している。
明るい春の午後まで、優太は将来についてあまり心配していなかった。その日、彼は魅力的な花本羽（はぐみ）に出会い、一瞬で恋に落ちた。芸術の天才である羽は優太の大学に入学し、すぐに有名な陶芸学生・山田歩（あゆみ）と親しくなる。歩はすでに三人の同居人を知っており、こっそりと彼らのうち一人に強い想いを抱いている。
『ハチミツとクローバー』は、五人の親しい友人たちが結びつく織り交ぜられた絆を通じて、青春・恋愛・自己反省・成長の感動的な物語である。
