白銀の王シロが姿を消してから一年が経った。八神九郎と猫は疲れ知らずに捜索を続けたが、まだ何も見つからない。彼らの調査は解散した赤いクラン・ホムラの元メンバー、鎌本リキオとクシナアンナとの衝突を招く。緑のクランはアンナの能力を自分たちの目的に利用したいと狙っている。これを受け、セプター4は九郎と猫に加わり、倒れた赤いクランの唯一の女性でマスコットでもあるアンナを敵の手から救出し、彼女の若々しい力でシロを探すことを期待する。混乱の中、パーティは緑のクランが金王の領土を奪おうとする力衝突に直面する。Kプロジェクトの第二作『K: Missing Kings』は、七人の君主間で精神的な対立に巻き込まれた少年を追い、各キャラクターが君主を失った後の苦難を描く。
