頻繁な喘息発作のため、若いアンナ・ササキは内気で恥ずかしがり屋になり、クラスメートから距離を置くようになってしまい、そのことが保護者を常に心配させている。
医師は田舎への引っ越しが助けになると勧めた。より清潔な空気と落ち着いたペースが彼女の健康を向上させ、心を和らげる可能性があるとした。
アンナは海辺の町で叔母と叔父と一緒に滞在しながら、夏をスケッチで過ごした。
ある日散歩中に、彼女は『マッシュハウス』という廃墟の邸宅を見つけた。
すぐにそれが実は空っぽではないことを知り、代わりに謎めいた少女マーニーと出会った。
マーニーの元気な性格が徐々にアンナを自分の殻から引き出し、彼女は夜ごとに新しい友人を訪ねるようになった。
しかし、マーニーの表面の下にはもっと何かがあった。アンナの町での滞在が終わろうとする頃、彼女はマッシュハウスの壁に隠された秘密を明らかにした。
『思い出のマーニー』は、少女が自己実現と友情へ至る軌跡を描いた感動的な物語であり、彼女に永遠に残る夏を語っている。
