Из‑за частых приступов астмы молодая Анна Сасакі отстранена, застенчива и изолирована от одноклассников, что постоянно тревожит её приемного родителя. Врач посоветовал переехать в сельскую местность: более чистый воздух и спокойный ритм жизни могут улучшить её здоровье и успокоить ум. Пока она проживала у тети и дяди в прибрежном городке, Анна проводила лето, рисуя.
Однажды во время прогулки она наткнулась на заброшенный особняк, названный "Дом болот". Вскоре она поняла, что он вовсе не пустой: там встретилась загадочная девочка по имени Марни. Энергичная личность Марни постепенно вытеснила Анну из её оболочки, и она начала возвращаться ночью за ночью, чтобы увидеть новую подругу. Но под поверхностью Марни скрывалось больше; когда пребывание Анны в городе подходило к концу, она раскрыла тайны, спрятанные внутри стен "Дома болот".
"Omoide no Marnie" рассказывает трогательную историю пути девочки к самопознанию и дружбе, а также лето, которое останется с ней навсегда.