突然、ボアザン・フォースと呼ばれる謎めいたエイリアン種族が地球を支配した。こうした危機に備える専門家チームが派遣された。ケンイチ、イッペイ、大治、ヒヨシ、メグミは『超電磁機マシン・ボルテスV（5）』を操り、地球の防衛兵としてボアザンとその恐ろしいビーストウォリアーに立ち向かう。物語は、ゴ兄弟が真の血統と父親の失踪の裏にある真実を明らかにするにつれて深まる。葛藤や混乱した感情が時にゴ兄弟を妨げるが、父親を見つけたいという揺るぎない願いは彼らをすべてが始まった場所へと戻させる。地球の反乱軍やエイリアン本国の同盟者から助けを得て、ボルテスチームは新たな任務に挑む：暴君ズ・ザンバジルを倒し、ボアザンの人々を解放する。
