1983年夏、前原圭一は雛見沢村に到着し、静かな集落で龍宮レナ、園崎ミオン、保路サトコ、古手川リカと親しくなる。彼らの平和な日常の裏には、隠された闇が潜んでいた。
村は年に一度の祭りを準備している間、圭一はそれに結びつく地元の神話を知る。失望することに、近年村では祭りと小屋神に関連して多くの殺人や失踪が起きていることを知る。新しい仲間に尋ねても、彼らは奇妙にも黙り込み、求める情報を与えようとしない。奇怪な事件が続くたびに、圭一は友人たちが何を隠しているのか、そして本当に彼らに頼れるのか疑い始める。
狂気と疑念が圭一の心に根付くと、彼は『ひぐらしのなく頃に』を駆動する謎へと直撃される。この物語は複数のアークを通じて語られ、互いに絡み合う謎が彼の決意を試し、村の陰惨な過去に直面させる。
