分岐したタイムラインでは、惑星は永続的な平和を手に入れたようです。世界規模の戦争がなく、対立は主権国家ではなくライバル企業間で発生しています。新たにセクター262へ配属された神谷優一は、雇われた戦闘機パイロットとして任務を遂行します。しかし、施設に滞在するほど謎が増えていきます。
『スカイ・クロウラーズ』は、神谷が「キルドレン」と呼ばれる遺伝子操作で思春期に留まるよう設計された反射神経を高めた存在と、伝説のエースである「ティーチャー」と呼ばれる元メンターを理解しようとする視点でこの世界を描いています。神谷を最も不安にさせるのは、これら全てが基地司令官である草薙水斗に結びついていることです。セクター262には答えが隠されており、それを解き明かす代償は若いパイロットが負担できない可能性があります。
