明るい午後、パリのアパート内で雇われた暗殺者ミレーユ・ブーケは、若い日本人学生のキリカ・ユウムラから奇妙なメールを開く。彼女は「一緒に過去へ旅する」ことを提案している。ミレーユは最初、これを無意味だと見なすが、彼女の若い頃に覚えている旋律が流れ始めると、考え方が変わる。やっと対面した瞬間、銃撃手たちが突然襲いかかる。ミレーユは素早く身を守るが、キリカが驚くほど戦闘に長けており、自ら数人の攻撃者を排除していることに気付く。彼女は致命的な腕前にもかかわらず、殺した人々に対して後悔の感情を抱けないと告白する。さらに、彼女は自分がどのように能力を得たか、また本当の自分が誰なのかを覚えていない。共通の過去を認識したミレーユは、キリカと協力することに同意する。二人は「ノワール」というコードネームで、歴史の秘密を解き明かす旅に出る。脆弱なパートナーシップは、各任務を遂行する中で試され、彼らのアイデンティティの真実へと近づく。トレイルは隠された記憶や危険な遭遇を通じて彼らを導き、予想もしなかった深い結びつきを持つ過去を徐々に組み立てる。
