ナナミ・シンポーは若い少女です。母が亡くなった後、彼女は父のスコット・シンポーと共に研究船ペペロンチーノに乗り込みます。父は「光るクジラ」と呼ばれる生物を追い求めている海洋生物学者です。ある日、彼は化石化した残骸を発見し、悲しみに暮れながらも、その生物の保護と育成に焦点を移すことを決意します。この発見は彼を深く動かし、研究の優先順位を変えるきっかけとなります。ナナミはティコというシャチと絆を深め、毎日一緒に泳ぎます。二人は共にサンゴ礁を探検し、そのリズムと秘密を学びます。時間が経つにつれて、彼女は水中での呼吸をマスターし、父を驚かせます。彼女の新しい技術は乗組員に感銘を与え、波の下で滑る彼女を見ることができます。ある日、ナナミは沈みますが、光るクジラに引き寄せられ安全な場所へ連れて行かれ、船に戻ります。父はついにそれを目撃します。クジラのやさしい押し付けが彼女を救い、乗組員は安堵の歓声を上げます。乗組員は海の謎が目の前で展開する様子を見守ります。
