ミッドガー（Midgar）は女子校であり、最初かつ唯一の男子生徒ユウ・モノノベを受け入れただけで注目されるはずだった。しかし、ミッドガーはそれを超えて際立っている。ここは「D」と呼ばれる少女たちのためだけに設けられた学校である。彼女たちは暗黒物質を生成し、強力な兵器へと形作る極めて高いスキルを持っている。
Dは25年前には存在していなかった。『ドラゴン』と呼ばれる謎めいた致命的な獣が世界中で出現し始めた後にのみ現れた。奇妙なことに、彼らが姿を現したのと同じくらい急にドラゴンは消えた。彼らが残した痕跡として、いくつかの少女は皮膚に紋章を持ち、ドラゴンが使っていたような能力を備えて生まれた。
今、これらのDはその学園に通い、ドラゴンに対抗するために自らの才能を習得し活用することを目指している。ユウは彼らの最新入部生であり、現在知られている唯一の男子Dとして際立っている。彼は周囲の少女たち、さらに同じ学園に通う疎遠な妹とも絆を築き、ドラゴンの脅威を調査・根絶するために協力しなければならない。
学園の廊下は戦略で響き、各Dが自らの闇を攻撃へと導く方法を学んでいる。
