海岸にある小さな村で、ジロという少年は母と妹が家で殺害されたのを発見する。自分が犯していない罪で誤って責められ、村を逃げ出したジロは天海という僧侶に出会い、彼から逃亡忍者タロウザを排除するよう命じられる。任務を完了した後、ジロはエリート殺し屋になるための訓練を受ける。数十年後、彼は孤児であったことと、生まれつきの父親がタロウザであり、タロウザは天海に仕えていたがアイヌの女性に恋をして任務を放棄したことを知る。若き暗殺者は、幕府がキャプテン・キッドの失われた宝を取り戻し、それを利用して孤立と統制を強化し、日本を再び隔離する計画があることを知る。タロウザの隠された手掛かりを携えて、ジロは女性忍者オユキと囚われのサムとともに、危険な海を越えてロシアとアメリカへ宝探しの旅に出る。彼は天海への復讐と正義を取り戻すためにその宝を使おうと願っている。
