ユウケン「ユウ」円馬は典型的な日本の高校生で、今度開催される剣道大会に向けて準備を進めている。イベントの前夜、黒い馬車が彼に衝突する。目覚めるとユウは、トゥイステッド・ワンダーランドの魔法に包まれた領域にあるエリートアカデミー、ナイトレイヴン・カレッジにいることを知る。この学校への入学は、卓越した魔法の才能を持つ少数の学生に限定されているため、魔法を一切持たない普通の人間がそこにいたことは誰もが疑問視する。
ユウは家へ帰りたいと切望しているが、その任務は思ったよりも難しい。校長が彼を送り返す手段を探している間、ユウはキャンパス内の雑務を任される。しかし、彼が到着した後に入学式で起きた騒動のため、ハートスラビュール寮長リドル・ローズハーツによれば、ユウの背中に標的が設定されている。
やがてユウはハートスラビュールの新入生、エース・トラッポラとデューズ・スペードと友達になる。しかし、二人は事故の後に退学処分を受ける。償いを決意したユウは、彼らと共に学校の財産を修復する危険な任務に参加する。しかし、ハートスラビュールを率いる「クリムゾン・タイレント」は許すことに消極的で、厳しさの裏に隠れた企みを抱えている可能性がある。
