反乱組織リユニオンはチェルノボグ市を灰と絶望に変えてしまった。これは、極めて感染力が高く致死性のある病気オリパシーに感染した者を差別する国々への反乱の始まりにすぎない。今、蜂起勢は患者を残酷に扱うことで悪名高い裕福な都市、ルングメンを狙っている。リユニオンが故郷を破壊するのを目撃した後、ルングメン警備部門特別検査課のチーフ・チェンは彼のチームを率いて都市を守る。
一方、アミヤ医師と最先端製薬会社ローズアイランドの残りは、あらゆる面でリユニオンと対峙し続けている。しかし、彼らはすぐに凍結の力で対抗者を徐々に死に至らせるリユニオン司令官フロストノヴァという強大な敵に直面し、僵局を迎える。