三年前、ディサスと呼ばれる貪欲な異次元種族が地球に突如現れ、彼らの手の届く範囲内のすべてを破壊した。従来の兵器は無力で、人類最後の防衛線はスピリットレルムと契約を結び、魔法少女へと変身した一般市民に依存していた。ディサスが我々の惑星を追跡した後、魔法少女たちは激しい対決を経て勝利し、生存者は「マジカルファイブ」という称号を得た。
ディサスとの戦闘が終結した後、マジカルファイブは解散した。クルミ・ムゲン、ミア・サイラス、タマラ・ヴォルコワ、そしてラウ・ペイペイはそれぞれ別々の軍事部隊で服役し、指揮官アスカ・オートリは退任して平凡な生活に溶け込むため高校生として入学した。しかし彼女の休息は短く、敵の一部が生き残り、計画がまだ進行中であるという証拠が浮上した。戦いは魔法で対処しなければならないため、アスカはさらに大きな戦争が迫る中で再び行動へと引き戻された。
