Тринадцать лет назад часть Токио неожиданно отделилась и начала парить над городом. Парящая часть стала известна как Старый Токио, а наземная зона получила название Новый Токио. Между двумя мирами не удавалось установить контакт, и связь отсутствовала; время проходило в тишине, пока мир под ними оставался неведомым. Однажды молодая девушка почувствовала, что Старый Токио скоро упадет обратно на землю, и она отправилась в путешествие из летающего города к наземному, чтобы спасти его жителей от надвигающейся катастрофы.