Древние ниндзя были беспощадными полубогами, которые правили Японией своим карате в период тихого мира. Однако некоторые практиковали запретный харакири, доверяя свои души Храму Кинкакудзи для будущего перерождения. Их истинная история была стерта, история вымышленной и реальность тех ниндзя исчезла в забвении.
В будущем, где кибернетические технологии и глобальные сети стали божественными, воскрешенные души тех древних ниндзя пробуждаются и распространяют ужас по теням Новой Сайтамы. Фудзикидо Кенджи, корпоративный работник, чья жена и ребёнок были убиты в ниндзя‑войне за территорию, почти погибает. В тот момент его захватывает загадочный ниндзя‑дух. Пережив смерть, Фудзикидо превращается в Ниндзя‑Убийца — мрачного жнеца, поклявшегося уничтожить злых ниндзя и отомстить лично.
В дистопическом подполье Новой Сайтамы Ниндзя‑Убийца сталкивается с ниндзя из синдиката Соукай в смертельном бою.