古代の忍者は、静かな平和の時期にカラテで日本を支配した無慈悲な半神だった。しかし、一部は禁断の腹切りを行い、魂を金閣寺に託して未来の転生を願った。彼らの真実は消され、歴史は捏造され、その忍者たちの現実は忘却へと消え去った。
サイバネティック技術とグローバルネットワークが神聖化した未来において、古代忍者の復活した魂は目覚め、ネオ埼玉の影に恐怖を広げる。企業勤務である藤木戸健二は、妻と子供が忍者の縄張り争いで殺害されたため、ほぼ命を落とす。そんな瞬間に彼は謎めいた忍者の霊に取り憑かれ、死を生き延びて藤木戸は忍者殺しへと変貌する。彼は悪質な忍者を排除し、個人的な復讐を遂げる死神として誓う。
ネオ埼玉のディストピア的な裏社会で、忍者殺しはソウカイ・シンジケートの忍者たちと致命的な戦闘を繰り広げる。
