"Medusa" вспыхнула в мировую эпидемию. Чтобы защитить небольшое число людей от смертельного патогена, власти решают поместить их в криогенную стазис, надеясь, что пока они находятся в покое найдется лекарство. Касуми, шестнадцатилетняя девочка, входит в число 160 выбранных и сопровождается в Центр холодного сна (CSCC), скрытый внутри древней цитадели. Хотя она знает, что выживание не гарантировано, Касуми принимает процедуру и засыпает, держась за надежду воссоединиться со своей сестрой-близнецом Шизуку, которая также заражена. Когда спящие наконец просыпаются, они обнаруживают, что CSCC изменился: некогда величественная крепость теперь покрыта колючими лозами, а возрожденные немедленно атакуют загадочные звери. Сколько лет прошло? Откуда пришли эти монстры? Какое место заняла судьба мира?
Оставленные в лабиринте нерешенных вопросов, начинается сага семи выживших. Выжившие должны исследовать руины, раскрывая подсказки о происхождении эпидемии и монстров, которые их преследуют.