С тех пор как произошёл инцидент с Jewel Seed, прошло несколько месяцев, и Наноха Такамачи готовится встретить Фэйт Тестаросса после её испытания в Административном бюро. Получив условную амнистию за предотвращение кризиса, Фэйт теперь может ходить в школу вместе с Нанохой. Однако прежде чем две девушки смогут возобновить обычную жизнь, внезапно к ним нападает группа теневых магов. Перебитые неизвестными противниками, Наноха и Фэйт теряют свою ману в мрачный гримуар, оставляя Raising Heart и Bardiche повреждёнными.
Атакующие идентифицированы как Wolkenritter; его четыре члена — Вита, Сигнум, Шамаль и знакомый Зафила — были призваны Книгой Тьмы, чтобы выполнить её зловещую волю. В настоящее время книга находится в руках молодого Хаяте Ягами, который не осознаёт её истинной природы. Пока Wolkenritter канализирует украденную ману для выполнения своего долга, он стремится завершить том.
Измотанные и беззащитные, Наноха и Фэйт должны побеждать время, чтобы восстановить силы и столкнуться с Wolkenritter, стремясь остановить квартет от завершения Книги Тьмы и высвобождения её катастрофической магии над миром.