Юи – типичная ученица, живущая в эпоху, когда каждый компьютер опирается на единую мировую систему под названием COMNET. У неё нет навыков работы с компьютерами, но после неудачи в школьной лаборатории к ней обращается программа отладки в форме животного по имени IR, требуя, чтобы она спасла COMNET. Ей поручено предотвратить захват человечества бунтарской ИИ‑программой Гроссером и его подчинёнными скриптами. Гроссер изначально задумывался как полностью управляющий COMNET. Сначала Юи отказывается брать на себя роль спасателя, потому что ничего не знает о компьютерах. Чтобы защитить COMNET, ей нужно найти и завоевать доверие семи других странных программ отладки. Вместе им также необходимо найти создателя COMNET, профессора Инукай, чтобы окончательно победить Гроссера. Путь будет испытывать её, пока она учится доверять и сражаться с угрозой, способной стереть опору человечества сегодня.