Четырнадцать лет спустя после того, как он победил бессмертного бойца Химуро Генма и остановил коварные планы Шогуна Тьмы, Кибагами Джубэи продолжает странствовать по Японии как мечник без гильдии. Во время своих путешествий он встречает Шигуру, жрицу, которая никогда не видела мира за пределами своей деревни. Однако когда отряд демонов разрушает эту деревню и убивает её жителей, Джубэи становится главной добычей после того, как он получает Драконовый Жемчуг — камень загадочного происхождения. Тем временем Шигуру вместе с монахом Дакуаном и молодым вором по имени Тсубуете направляется в город Ягю. С двумя демоническими фракциями, охотящимися на Шигуру, Дакуан снова должен привлечь помощь Джубэи, чтобы защитить жрицу света.