После окончания Хакуоуки Чизуру Юкимура и Шинсэнгумі должны покинуть Киото и отправиться в Эдо. При отсутствии командира Исами Кондоу заместитель-командир Тошизу Хиджиката принимает роль исполняющего обязанности лидера. Однако Хиджиката не только справляется с новыми командными обязанностями, что тревожит окружающих, но и сталкивается с внезапной, неконтролируемой кровавой жаждой. Еще хуже то, что это побуждение не изолирует его; оно начинает вести некоторых из его людей к безумию.
В конце концов Кондоу возвращается с императорскими приказами удержать замок, и их подразделение получает новое название: Койо Чинбутай. Но в войне власть может резко смениться, а лояльность может поколебаться. В Хакуоуки Хеккецуроку Чизуру следует за Шинсэнгумі в ядро войны и продолжает искать своего потерянного отца, при этом ее отношения с Хиджикатой углубляются.