Три года спустя конфликт, Махито Маки теряет мать в разрушительном пожаре в больнице. Вскоре после этого его отец женится на Нацуко, младшей сестре умершей матери Махито. Семья переезжает из Токио в сельскую местность, где стоит усадьба матери. В этом окружении странный серый цапель неоднократно насмехается над Махито, как будто он проявил к нему особый интерес.
Стремясь принять свою скорбь и приспособиться к чужой среде, мальчик поражён, когда узнаёт, что Нацуко беременна. Неугомонный цапель, который может говорить, настаивает, что мать Махито всё ещё живёт. Он заманивает его к загадочной башне рядом с домом, обещая, что он сможет спасти её от смерти, но Махито остаётся скептически настроенным.
Однажды Нацуко исчезает; Махито видит, как она ступает в башню и чувствует себя вынужденным следовать за ней. Он спускается в мир под своим, где жизнь и смерть переплетаются. Ища Нацуко в этом странном мире, Махито должен понять истинный смысл жизни, если хочет вернуться безопасно.