紛争が始まってから3年目、マヒト・マキは病院での壊滅的な火災で母を失う。すぐに、彼の父はマヒトの亡き母の妹・夏子と結婚する。家族は東京から田舎へ移り、母の先祖が残した家に住む。そこで、奇妙な灰色の白鳥がマヒトを何度もからかい、まるで彼に特別な関心を抱いているかのようだ。悲しみを受け入れ、異国の環境に適応しようと苦闘する中、少年は夏子が妊娠していることを知り驚く。話せるしつこい白鳥は、マヒトの母がまだ生きていると主張する。家に近い謎めいた塔へ彼を誘い、母を死から救えると約束するが、マヒトは疑念を抱き続ける。ある日、夏子が姿を消す。マヒトは彼女が塔へ足を踏み入れるのを見て、追いかけなければならないと感じる。彼は自分自身よりも下の領域へ降り、そこでは生と死が交錯する。奇妙な世界で夏子を探しながら、マヒトは安全に帰るために生の真意を理解しなければならない。
