Ю, Хару и Котона — неразлучные друзья, живут спокойной школьной жизнью. Однажды послеобеденное время мрачный незнакомец преследует и наносит Котоне ранения — трагедия, которую Ю и Хару не смогли предотвратить. Пытаясь поспешно доставить её в больницу, они едва избегают столкновения с грузовиком и выходят из происшествия невредимыми. Внезапно они оказываются перенесены в зачарованное царство, наполненное разными народами и чудесными существами.
К их удивлению Ю, который всю жизнь провёл в инвалидной коляске, теперь свободно шагает! Но у него нет времени раздумывать над этим ошеломляющим поворотом, ведь Котона исчезла. Решив найти её, Ю и Хару останавливаются в ближайшем трактире, чтобы собрать сведения. Там, взглянув на изображение Аши, принцессы королевства, они раскрывают шокирующую правду. Их поиски сопровождаются распространением слухов об исчезновении Котоны по всему королевству, и им приходится ориентироваться в обычаях, чтобы её найти.
Через это необыкновенное путешествие по чудесному миру Ni no Kuni иллюстрирует уникальную связь, связывающую два разных, но параллельных мира и то, как она формирует человеческие отношения.
