ユウ、ハル、そしてコトナ――離れがたい友人たちは平和な高校生活を送っていた。ある午後、陰鬱な見知らぬ人物がコトナを追いかけて斬りつける──ユウとハルが止められない悲劇だ。彼らは急いでコトナを病院へ運び、トラックとの衝突をかろうじて回避し、無傷で済んだ。突然、彼らは多種多様な人々と驚くべき獣が暮らす魔法の国へと転送される。
驚くべきことに、車椅子で生まれ育ったユウは今や自由に歩き回ることができる！しかし、コトナが消えてしまったため、この不可思議な展開を振り返る時間はない。彼らはコトナを探す決意で近くの居酒屋に立ち寄り、情報を求める。そこで、王国のプリンセスアシャの画像を見た瞬間に衝撃的な真実が明らかになる。彼らの捜索は、コトナ失踪の噂が王国中に広がるにつれ、彼らは慣習を乗り越えて彼女を見つけなければならない。
この素晴らしい世界での非凡なる旅を通じて、『ニノクニ』は二つの異なるが平行した領域を結ぶ独特な絆と、それが人間関係にどのように影響するかを描いている。
