タチバナ・ハビキは数え切れないほどの強大な敵を打ち倒し、無数の無実の魂を救い、数多くの絶望的な窮地から脱出してきたが、今や彼女はすべての中で最も恐ろしい挑戦――夏休みの課題――に囚われている。彼女の日常的な高校生活は控えめである一方、軍事ユニットS.O.N.G.における彼女の役割は決して普通ではない。古代で強力なシンフォギア鎧を装備し、ハビキと仲間たちは国連と協力して世界的な紛争や災害に対処する。基地でのブリーフィング中、ハビキはバイエルン・イルミナティという秘密組織を知る。彼らは数々の大規模な惨事を計画し、現在は戦争に苦しむ国バル・ヴェルデで活動している。ハビキと彼女の小隊はイルミナティの製造施設に潜入し、何百人もの奴隷化された労働者を解放する。暴露されると、錬金術師サン＝ジェルマン、カリオストロ、プレラティが組織の指導者として現れ、錬金術の力を振るいながら世界的な反乱を引き起こし、数千の命が失われる。別の存在的脅威に直面したハビキと彼女の仲間たちは、バイエルン・イルミナティとの最も危険で破壊的な対決に挑む必要がある。
