異星人のアビッサル艦隊は人類を脅し続け、カンムス――日本の戦艦の魂を体現する少女たちは、人類最後の防衛線として立ち上がる。彼女らの絶え間ない戦いは、カンムスを波底へ沈めて忘却へと追いやる危機をほぼ確実にする。ミツキ級駆逐艦「カサリギ」もその運命に巻き込まれた船の一つだ。
夜間攻撃を成功させた第八艦隊のカンムスは、海面で漂っているが意識不明のまま生きているカサリギを発見する。この奇妙な状況と駆逐艦の異様な振る舞いは、カンムスたちを警戒させる。さらに他の艦船では奇妙な声が聞こえ、赤い水に触れると装備が腐食する現象も起きる。奇妙なことに、フブキ級駆逐艦の旗艦「フブキ」は無傷でいる。
フブキと仲間たちがこれらの奇妙な現象に直面する中、彼女たちの存在とアビッサル艦隊の脅威という厳しい真実が徐々に明らかになる。だが、少女たちは海を解放し、最も愛する者を守るために前進し続けなければならない。絶え間ない闇の中で、彼女らの決意は揺るがず、人類と希望の未来を守り続ける。
