阿多賀 勝久（あだが かつひら）は、痛みを感じる能力がほぼ消えた静かな内向的な少年です。彼の仲間、鷹城 千鳥（たかしろ ちどり）は、勝久がこの劇的な変化を遂げる前の時期をぼんやりとしか覚えていません。今日、彼は控えめで目立たない態度が、金銭を大きく奪ういじめっ子の標的になることが多いです。しかし、彼らの暴力はほんの少ししか彼を揺さぶらず、感情すらも遠く離れたものです。
ある日、勝久と千鳥、そして他の4人の若者が誘拐され、「絆システム」と呼ばれる正式なメンバーになるよう強制されます。彼らは「キズナイヴ」として知られています。参加者は苦しみで結ばれており、1人が負傷すると同等の痛みが他のメンバーに伝わります。これらの人々は、初期段階の平和維持計画の試験対象とスケープゴートとなります。運命が文字通り結びついているため、キズナイヴは互いに本当の自分を明らかにしなければ、システムそのものを超えた失敗のリスクがあります。彼らの生存は、共有された痛みで鍛えられた信頼にかかっています。
