小学生の四年生、ヒメノは静かな谷の起伏に広がる大きな田舎邸宅へ引っ越す。そこで彼女はすぐに、その家が忍者一族の領地であることを知る。赤巻、青巻、黄巻という忍者たちはヒメノを王族だと勘違いし、彼女の悩みを自分たちの特技で解決し始める。しかしそれだけが彼らの力ではない。青巻と黄巻が合体すると緑巻になる。同様に赤巻と青巻が結合して紫巻、赤巻と黄巻が組み合わさると大代巻になる。これらの鮮やかな忍者たちと共に暮らす生活は、巨大な竜巻が邸宅へ迫るのを目撃した瞬間に本格的に始まる。ヒメノの親族にはどんな運命が待っているのだろうか。これら明るい忍者たちは夜通し彼女を守るのだろうか。
