ガミンドリの四つの王国――プラネトゥーネ、ラステーション、ロウィー、リーナボックス――が共有エネルギーを巡って長年にわたり非生産的な対立を続けてきた。共有エネルギーとは、民衆の女神への献身から得られる力である。四つの支配CPUは遂に友情条約を結ぶことに合意した。この協定では、力で共有エネルギーを奪取しようとする試みを禁じ、各領域に調和と成長をもたらすことを目的としている。しかし、条約締結から一か月後、プラネトゥーネのCPU女神・ネプチューンは職務を果たす代わりに、日々怠けてゲームをするだけで、その領域の共有エネルギーが急落してしまう。『超時限ゲーム ネプチューン：アニメーション』は、ネプチューンと仲間たちが共有エネルギーを増やすために奮闘し、女神たちとガミンドリの存続を脅かす外部の脅威に立ち向かう姿を描いている。
