「神月の巫女」は、時間が人々と自然に優しく漂う町・真穂羅場で物語が始まる。名門小太千葉学園の二人の生徒は、まるで別世界にいるかのようだ。ひめこは控えめでためらいがち、千香音は自信に満ちて優雅だ。だが二人の愛情は揺るぎなく、あらゆる障害にも関わらず絆を切るものはない。
誕生日を共にする日、悪意ある囁きが一人の仲間を攻撃者へと変えてしまう。絶望が頂点に達したその瞬間、両女の中に眠る月日巫女の力が覚醒し、闇を払う。これこそ最初の試練にすぎなかった。今、彼女たちは数え切れないほどの脅威に立ち向かわなければならない――それは最も身近な者たちでさえも含む。彼女たちの決意は固まり、すべての迫り来る危険に立ち向かう破れない希望の盾を作り上げた。共に影を歩み、愛が最も暗い隅まで光を照らすと信じている。
