サウス・クロス島の表面の下には、地下要塞で定期的に集結する「グリッタリング・クルックス軍団」と呼ばれる秘密組織が存在する。この派閥は「サイボディ」と呼ばれる巨大な石の存在に執着しており、これらは「ゼロタイム」と呼ばれる領域内でのみ巨大な戦闘員へと変形できる。島の四人の海獣少女を見つけて破壊することで、グリッタリング・クルックス軍団はゼロタイムから脱出し、サイボディを自由に展開したいと考えている。地下要塞には、サイボディの力をすべて増幅する古代遺物があると噂されている。
ある晩、剣橋拓斗という若者が島の海岸に取り残され、杉田新堂と彼女の婚約者である島の海獣少女アゲマキ・ワコに救出される。目覚めた後、拓斗は彼らとすぐに同盟を結び、近くのアカデミーに入学する。そこでは多くのクラスメートが密かにグリッタリング・クルックス軍団に所属している。
しかし、拓斗は隠された才能を持っている。ゼロタイムでは、自分のサイボディ「タウバン」を操ることができる。迫り来る戦いの中で、拓斗とタウバンはグリッタリング・クルックス軍団がワコの封印を破り、邪悪な目的を遂行するのを阻止する上で重要な役割を果たす。
