夏休みの間、中学生のナガスミ・ミチシオは瀬戸内海へ向かう。ミオサンビーチで泳いでいると、突然足が痙攣し始める。周囲の誰も彼の必死な叫びを聞き取れず、彼は水中に引き込まれ溺れ始める。意識を失う直前、マーメイドが現れ彼を救い出す。
その晩、ナガスミは助けてくれた女性に訪問される。彼女は自分をサン・セトと名乗り、ヤクザの一族に属するマーメイドだと言う。マーメイド法令によれば、人間にマーメイドの正体を明かすことは死刑に相当する。厳しい運命を回避するため、セト家はナガスミに選択肢を提示する：サンと結婚するか、クズバロウ（同族の頭目でありサンの父）に殺されるか。別の選択肢がないため、ナガスミは彼女と結婚することに同意する。
新婚の二人は今、結婚を隠さなければならない。彼らの日々は秘密の会合と隠れたサインで満ち、海面は彼らの真実の絆を隠す。人間社会に溶け込むため、仮面をかぶり、新しいスキルを習得する。サンはまた、海の生き物とコミュニケーションを取る稀な才能も持っており、クズバロウの容赦ない陰謀がより危険になるにつれて重要になっていく。様々な敵からの奇妙な計画の中で、二人は誠実で無垢な愛情を育みながら、秘密の生活を乗り越えていく。
