少年のいたずら好き、成日タケルは獣に狩られる夢を繰り返し見るが、影の少女が毎回彼を救う。彼女に恋をしたタケルは、1,999回目の出会いで次に彼女を救うと誓う。ところが、バイク事故でタケルは電磁平安京――古代日本の首都を再構築した先進技術と彼女、月山が住む場所に転送される。月山はタケルを覚えていない。
やがて、黒曜色の霞が街を覆い、人々を石に変え鬼を召喚する。戦えるのは陰陽師――神秘的な力を操り、魔装「式神」鎧を駆る者だけだ。霞が再び降りると、タケルは自分に奇妙な変身能力があることを知り、鬼に耐えることができると悟る。しかし、彼と月山は両方とも殺され、タケルは再び電磁平安京で目覚める。今回は霞が来る二週間前だ。タケルは月山を守るために陰陽師になることを誓い、未来を書き換える決意を固める。
