孤児として育ったニオ・チリヌは、養祖母の飲食店でウェイターとして働くことで帰属意識を確立する。しかし、この平穏は、ニオと彼の妹イロハが子ども誘拐犯トシズウ・ヒジカタとソウジ・オキタを捕らえるための身代わりとして犠牲にされることで突然終わる。対決後、トシズウはニオをミブロに加入し京都の市民を守るよう招待する。自分の弱さに苛立ちながら、ニオは新たな仲間と同等の戦闘技術を身につけるために熱心に訓練する。しかし、彼は同年代のミブロ仲間であるタロー・タナカとハジメ・サイトウからの受け入れを得ることが難しいと感じている。彼らの友情を勝ち取ろうとするニオは、自分自身の道徳的羅針盤を見つけ出し、すべての敵に打ち勝つほど強くなる必要がある。京都の古い街並みと路地の中心で。
