車の事故で家族全員を失った後、浅野太陽は幼馴染の与作木睦美から距離を置こうとするが、彼女は決して去らないと保証する。だが太陽は社交的に不器用になり、学校で友達を作るのに苦労する。彼の粘り強いクラスメートたちが何度も試みるものの、うまくいかない。
ある日、副校長が太陽を自室に呼び出し、彼の命まで脅した。見知らぬ人物に連れ去られ、太陽は睦美と共に目覚める。睦美は太陽に自分の兄弟姉妹を紹介する――超人的な能力を持つスパイ一家。各世代で一人の普通人がクランのリーダーとなり、睦美もその一員である。家族の使命は彼女を命懸けで守ることだ。
副校長の本名は与作木京一郎、クランの長男である。彼は太陽が睦美に脅威を与えると考え、両者を安全に保つ唯一の方法は結婚だと主張する。クランでは内部で殺害を禁じている。最初は躊躇するものの、太陽は睦美を守ることに同意する。今、彼は与作木スパイとして訓練を受け、二人に対する絶え間ない脅威から守らなければならない。
