2242年、人類の生存者は荒廃した地形に点在するバブル型都市に閉じ込められている。彼らは毒性の降雨とエンダーという攻撃的な生物を避け、AO結晶から得られる新しいエネルギー源に頼っている。これらの結晶を採取しに出る者はドリフターと呼ばれ、適応性のある二足歩行メカを操り、戦闘アンドロイドであるマグスの助けを借りている。
優秀なドリフター仲間トウキとともに遠くの廃墟を調査していた志望ドリフター・カナタは、凍結保存されたままのマグス「ノワール」に出会う。彼女は自ら目覚めるが記憶を失っており、カナタの任務には役に立たない。しかしエンダーの猛攻中、カナタはノワールが卓越した戦闘能力を持つことに気付く。二人はノワールの過去を解明し、世界の秘密を握る伝説の都市「ヒストワ」を探す旅に出る。カナタが長らく憧れていた場所だ。
