1931年、徳川幕府はまだ統治を続けており、明治時代の64年目にあたる。新たに発掘された『ドラゴンヴェイン』を独占することで、幕府は日本を近代化した江戸時代へと導き、日本の歴史と未来に影響を与える。この時代、"ヌエ" と呼ばれる精鋭の処刑者集団が、反乱派である "クチナワ" から幕府を守る任務を担っている。『ツユカサ書店』の所有者である沢 幸村は、静かな微笑みを浮かべながら日々の運営をこなす。しかし、表向きはそのままに、彼女は自分の部族と親族を虐殺した男への復讐を狙っている。青い血統から授かった変容の力を得た沢は、ターゲットであるクチナワ首領・ジャノメに関する情報を確保した後、ヌエに加入する。
