近代のガジェットのおかげで、子どもたちはクレヨンと紙をデジタルタブレットに置き換え、スケッチから生まれる創造の火花が記録的に低下している。結果として、その火花で燃える空中のラクガ領域は、下にある都市を覆う崩壊の危機に直面している。災害を回避するため、領域の王女は緊急に「ミラクルクレヨン」を操ることができる地球人を探している。王国の改革者たちが地球に降臨し、支配を試みる際、彼らは偶然にもその魔法のクレヨンを野原しんのすけ（「シンちゃん」）の手に渡してしまう。町を守る決意を固めたシンちゃんは、無限の想像力を駆使して両世界を迫り来る破滅から守り、永遠に空のバランスを回復しなければならない。一方、遠い国々からの同盟者たちがミッションを支援するために集結し、すべての運命と希望のために知恵と勇気を共有する。
